洁净室应使用不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮防霉和容易清洁并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面装饰材料。空调保温材料也必须符合国家有关规定达到耐腐蚀、不产尘、不附着灰尘和防火等要求。
工程质量控制要点：选择经过专业培训的施工队伍。洁净室施工涉及装饰、暖通、电气和医用气体等专业，施工人员须对洁净室施工规范、施工工艺、施工质量有认识，否则，净化工程设计，施工质量很难得到保障。
如对某医院洁净室做含尘浓度检测时，手术室净化工程，突然发现尘浓普遍急剧上升，超标严重。工程人员首先想到的是过滤器风口漏，合肥净化工程，经检查，虽然发现确实有漏，医院净化工程，但和检测出的尘浓数量不相当。根据经验判断，这是新风口设计不当，由于设在5层楼顶上向下的新风口，其下方正好有一垃圾站，而该垃圾站有定期烧垃圾的习惯，大量浓尘正是来自新风口下方冒出的浓烟。这样的新风口位置，必然产生危及室内洁净度的结果，无论后期施工质量如何，其洁净室的工程质量也很难达到要求，实际上这与“规范”中要求的新建洁净手术室应远离污染源的总体要求是相违背的。
不能通过增加流量差额（在通风系统允许范围内）实现，则应仔细检查该房间是否存在缝隙（例如门缝、窗缝、水管装置和各种嵌入墙壁的装置等），然后采取补救措施，密封这些裂缝。房间内的负压值可通过改变通风系统运行或者打开和关闭房间的门、走廊门或者窗户而改变。如果已经建立起一种运行结构，应确保妥善关闭负压室以及其它区域（例如影响空气压力的走廊门）的所有门窗，人员需要进入或离间或区域情况除外。
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